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京都大学 細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト
研究テーマ
異分野融合による分子実体に基づく生物物理学的シミュレータの開発
京都大学「細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト」は、生体機能の複雑なメカニズムをコンピュータ上で再現しようという試みです。その促進のために、文部科学省リーディングプロジェクト「細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト」が平成15年に開始し、京都大学はその主要4拠点の一つとして採択されました。


ご挨拶
プロジェクトリーダー 野間昭典

トピックス

2007年11月2日(金)
当プロジェクトが協力している京都大学ナノメディシン融合教育ユニット主催にて以下のシンポジウムを開催いたします
シンポジウム「ナノメディシンの拠点形成・教育から研究まで」

2007年11月12日(月)〜13日(火)
当プロジェクト主催で、京都大学拠点 第4回国際シンポジウムを開催致します。
  詳細       →English
   【日 程】  2007年11月12日(月)〜13日(火)
   【会 場】 京都大学 医学部構内芝蘭会館 2F 稲盛ホール
          (京都市左京区吉田近衛町)
   【参加費】 無料
   【懇親会】 11月12日(月)
   【招待講演者】 (予定)
    Kirsten ten Tusscher (Utrecht University, Utrecht The Netherlands)
    Albertas I. Undrovinas (Henry Ford Hospital, Detroit USA)
    Robert D. Harvey (Case Western Reserve University, Cleveland USA)
    Kazuhiro Aoki (kyoto University, Japan)
    Leon Axel (New York University Medical Center, New York USA)
    Shu Takagi (University of Tokyo, Japan)
    Leonid Livshitz (Washington University, St. Louis USA)
    Keiko Yanagi(ishihara) (Saga University, Japan)
    Yoshiri Sohma (Osaka Medical College, Japan)
    James B. Bassingthwaighte (University of Washington, Seattle USA)
    Do Han Kim (Gwangju Institute of Science and Technology, Gwangju Korea)

2007年5月
細胞・生体機能シミュレータ開発センターは京都大学 医学研究科 細胞機能制御学内に移転致しました。

2007年2月9日(金)
当プロジェクトが共催している、第14回システムバイオロジー研究会が京都にて開催されました。
〜心臓リモデリングの解明におけるシステムバイオロジー、コンピュータ技術の可能性〜

2007年1月17日(水)、18日(木)
慶應義塾大学に於いて文部科学省リーディングプロジェクトの全体シンポジウムが開催されました。
本拠点からは、野間昭典教授,松田哲也教授が講演を行いました。
文部科学省リーディングプロジェクト「細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト」シンポジウム

2006年12月4日(月)〜5日(火)
当プロジェクト主催で、京都大学拠点 第3回国際シンポジウム〜 Medical Systems Biology of the Heart 〜を開催いたしました。

2006年11月20日(月)
当プロジェクトが協力している京都大学ナノメディシン融合教育ユニット主催にて以下のシンポジウムが開催されました
「第1回 京都大学ナノメディシン融合教育ユニット シンポジウム」

2006年11月1日
心筋細胞容積調節論文が掲載されました。
Ayako Takeuchi, Shuji Tatsumi, Nobuaki Sarai, Keisuke Terashima, Satoshi Matsuoka, and Akinor Noma. Ionic Mechanisms of Cardiac Cell Swelling Induced by Blocking Na+/K+ Pump As Revealed by Experiments and Simulatio.
The Journal of General Physiology, 2006;128 495-507, Published online 30 October 2006 http://www.jgp.org/cgi/content/abstract/128/5/495?etoc

下記コメントも同時に掲載されています。
Clive M. Baumgarten, Cell Volume Regulation in Cardiac Myocytes: A Leaky Boat Gets a New Bilge Pump. The Journal of General Physiology, 128(5): 495-507, 2006.
http://www.jgp.org/cgi/content/full/128/5/487?etoc

論文の図を再現するソースコードは数週間後にsim-bio.orgにて公開する予定です。 

2006年6月15日(木)
6月15日付けの京都新聞に本プロジェクトの記事が掲載されました。

研究員・プログラマ募集 (2006/5/15)
医学・薬学・生物学、あるいは情報科学・工学を専門とし、新しい融合領域に興味を持つ研究員(助手相当:任期制、非常勤職員)を募集します。 
シミュレータソフト(Java、C++)の作成に従事するプログラマも募集しています。
   →詳細

2006年5月29日(月),30日(火)
当プロジェクトが協力している京都大学ナノメディシン融合教育ユニット主催にて以下のシンポジウムが開催されました。
地域結集&ナノメディシン融合教育ユニット合同シンポジウム
 日時:平成18年5月29日(月) 午後1時〜7時30分
 場所:京都大学 芝蘭会館 稲森ホール・山内ホール
第1回京都ナノ融合イノベーションシンポジウム
 日時:平成18年5月30日(火) 午後1時〜5時20分
 場所:京都大学百周年時計台記念館 百周年記念ホール

2005年11月
容積調節モデル論文が受理されました。モデルのソースコードは http://jp.sim-bio.org/ で公開しています。
Keisuke Terashima, Ayako Takeuchi, Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka, Eun Bo Shim, Chae Hun Leem, and Akinori Noma: Modelling Cl - homeostasis and volume regulation of the cardiac cell. Focussed Issue of Philosophical Transactions of Royal Society Series A on 'Biomathematical Modelling', in press.

simBioバージョン0.3を公開いたしました。downloadはこちらからできます。
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=146713
simBio-users_jaメーリングリストは http://sourceforge.net/mail/?group_id=146713から登録可能です。

2005年10月
京都大学工学研究科ナノメディシン融合教育ユニットにおいて生体機能シミュレーションコースを開講します。
京都大学工学研究科ナノメディシン融合教育ユニットホームページ

2005年7月6日(水)〜7日(木)
慶應義塾大学に於いて文部科学省リーディングプロジェクトの国際シンポジウムが開催されました。
文部科学省リーディングプロジェクト「細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト」国際シンポジウム
京都大学より野間昭典,松田哲也,松岡 達が口頭発表を行いました。

2005年5月18日(水)〜20日(金)
第82回 日本生理学会大会が開催されました。
本プロジェクトより、松田 裕之,芦原 貴司,岡 千晶,竹内綾子,Natalie Schneider,Shim Eun Bo,寺島 啓介,朝倉 圭一,齊藤 隆太,阿部 泰之がポスター発表を行いました。

2005年3月15日(火)
NHK放送、おはよう関西(関西エリア:朝7:30〜7:45)、ニュース610京いちにち(京都府内エリア:夕方6:10〜7:00)で、本プロジェクトが特集として紹介されました。

 

 

     
     
プロジェクトの連絡先
〒606-8501 京都市左京区吉田近衛町 京都大学大学院医学研究科 細胞機能制御学
細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト事務局
事務局メールアドレス contact@biosim.med.kyoto-u.ac.jp_
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