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論文リスト
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−平成16年度−
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論文発表【国内】
  • 皿井伸明,野間昭典:simBio:生物学的ダイナミックモデル開発基盤.日本エム・イー学会雑誌(BME).2004,18: 3-11.
  • 嶋吉隆夫,堀謙太,陸建銀,皿井伸明,天野晃,松岡達,松田哲也:マルチフィジックス細胞・生体機能シミュレーションのための統合シミュレーション環境.生体医工学.2004,42: 437.
論文発表【国外】
  • Harada S, Nakada Y, Yamashita F, Hashida M: Biopharmaceutical considerations on antihistamine effects of topically administered emedastine. J Pharm Sci. 2005, 94: 17-24.
  • Hosokawa R, Nohara R, Hirai T, Fujibayashi Y, Fujita M, Kambara N, Ohba M, Tadamura E, Kimura T, Kita T: Myocardial metabolism of (123)I-BMIPP under low-dose dobutamine infusion: implications for clinical SPECT imaging of ischemic heart disease. Eur J Nucl Med Mol Imaging. 2005, 32: 75-83.
  • Irie M, Terada T, Katsura T, Matsuoka S, Inui K: Computational modelling of H+-coupled peptide transport via human PEPT1. J Physiol. 2005, 565: 429-439.
  • Iwashita T, Nakanishi Y Shimasaki M: Comparison criteria for parallel orderings in ILU preconditioning. SIAM Journal on Scientific Computing. 2005, 26: 1234-1260.
  • Taguchi N, Niisato N, Sawabe Y, Miyazaki H, Hirai Y, Marunaka Y: Benzamil, a blocker of epithelial Na+ channel (ENaC), -induced upregulation of artery oxygen pressure level in acute lung injury rabbit ventilated with high frequency oscillation. Biochem Biophys Res Commun. 2005, 327: 915-919.
  • Takahashi N, Saito Y, Kuwahara K, Harada M, Tanimoto K, Nakagawa Y, Kawakami R, Nakanishi M, Yasuno S, Usami S, Yoshimura A, Nakao K: Hypertrophic responses to cardiotrophin-1 are not mediatetd by STAT3, but via a MEK5-ERK-5 pathway in cultured cardiomyocytes. J Mol Cell Cardiol. 2005, 38: 185-192.
  • Takehiro M, Fujimoto S, Shimodahira M, Shimono D, Mukai E, Nabe K, Radu RG, Kominato R, Aramaki Y, Seino Y, Yamada Y: Chronic exposure to β- hydroxybutyrate inhibits glucose-induced insulin release from pancreatic islets by decreasing NADH contents. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2005, 288: E365-E371.
  • Tsuneyoshi H, Oriyanhan W, Kanemitsu H, Shina R, Nishina T, Ikeda T, Nishimura K, Komeda M: Heterotopic transplantation of failing rat heart as a model of LV mechanical unloading toward recovery. ASAIO J. 2005, 51: 116-120.
  • Amano A, Kanda K, Shibayama T, Kamei Y, Matsuda T: Model generation interface for simulation of left ventricular motion. Proc IEEE EMBC. 2004, 3658-3661.
  • Ashihara T, Namba T, Ikeda T, Ito M, Nakazawa K, Trayanova N: Mechanisms of myocardial capture and temporal excitable gap during spiral wave reentry in a bidomain model. Circulation. 2004, 109: 920-925
  • Ashihara T, Namba T, Ito M, Ikeda T, Nakazawa K, Trayanova N: Spiral wave control by a localized stimulus: A bidomain model study. J Cardiovasc Electrophysiol. 2004, 15: 226-233.
  • Ashihara T, Trayanova NA: Asymmetry in membrane responses to electric shocks: Insights from bidomain simulations. Biophys J. 2004, 87: 2271-2282.
  • Goto K, Matsuoka S, Noma A: Two types of spontaneous depolarizations in the interstitial cells freshly prepared from the murine small intestine. J Physiol. 2004, 55: 411-422.
  • Goto K, Matsuoka S, Noma A: Two types of spontaneous depolarizations in the interstitial cells freshly prepared from the murine small intestine. J Physiol. 2004, 599: 411-422.
  • Horii T, Tambara K, Nishimura K, Suma H, Komeda M: Residual fibrosis affects a long-term result of left ventricular volume reduction surgery for dilated cardiomyopathy in a rat experimental study. Eur J Cardiothorac Surg. 2004, 26: 1174-1179.
  • Higuchi Y, Nishikawa M, Kawakami S, Yamashita F, Hashida M: Uptake characteristics of mannosylated and fucosylated bovine serum albumin in primary cultured rat sinusoidal endothelial cells and Kupffer cells. Int J Pharm. 2004, 287: 147-154.
  • Hyoudou K, Nishikawa M, Umeyama Y, Kobayashi Y, Yamashita F, Hashida M: Inhibition of metastatic tumor growth in mouse lung by repeated administration of polyethylene glycol-conjugated catalase: quantitative analysis using firefly luciferase-expressing melanoma cells. Clin Cancer Res. 2004, 10: 7685-7691.
  • Irie M, Terada T, Okuda M, Inui K: Efflux properties of basolateral peptide transporter in human intestinal cell line Caco-2. Pflugers Arch. 2004, 449: 186-194.
  • Katsumi H, Nishikawa M, Ma SF, Yamashita F, Hashida M: Physicochemical, tissue distribution and vasodilation characteristics of nitrosated serum albumin: delivery of nitric oxide in vivo. J Pharm Sci. 2004, 93: 2343-2352.
  • Kawakami R, Saito Y, Kishimoto I, Harada M, Kuwahara K, Takahashi N, Nakagawa Y, Nakanishi M, Tanimoto K, Usami S, Yasuno S, Kinoshita H, Chusho H, Tamura N, Ogawa Y, Nakao K: Overexpression of brain natriuretic peptide facilitates neutrophil infiltration and cardiac matrix metalloproteinase-9 expression after acute myocardial infarction. Circulation. 2004, 110: 3306-3312.
  • Koyamada K, Sakai K, Itoh T: Parameter optimization technique using the response surface methodology. Proc IEEE EMBC. 2004, 2909-2912.
  • Matsuoka S, Jo H, Sarai N, Noma A: An in silico study of energy metabolism in cardiac excitation-contraction coupling. Jpn J Physiol. 2004, 54: 517-22.
  • Nakamura M, Yamaguchi S, Watanabe Y, Yamashita F, Takakura Y Hashida M: Exogenous expression of interferon-β in cultured brain microvessel endothelial cells. Biol Pharm Bull. 2004, 27: 1441-1443.
  • Niisato N, Eaton DC, Marunaka Y: Involvement of cytosolic Cl- in osmoregulation of alpha-ENaC gene expression. Am J Physiol Renal Physiol. 2004, 287: F932-939.
  • Shimayoshi T, Hori K, Lu JY, Amano A, Matsuda T: A software environment for simulators suitable for complex biological analysis. Proc IEEE EMBC. 2004, 3047-3050.
  • Pan X, Terada T, Okuda M, Inui K: Regulation of diurnal rhythm of intestinal transporters SGLT1 and PEPT1 in food deprived, refed and scheduled fed rats. J Nutr. 2004, 134: 2211-2215.
  • Wanchana S, Yamashita F, Hara H, Fujiwara S, Akamatsu M, Hashida M: Two- and three-dimensional QSAR of carrier-mediated transport of beta-lactam antibiotics in Caco-2 cells. J Pharm Sci. 2004, 93: 3057-3065.
  • Yamashita F, Hashida M: In silico approaches for predicting ADME properties of drugs. Drug Metab Pharmacokinet. 2004, 19: 327-338.
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その他の誌上発表【国内】
  • 天野晃,松田哲也,野間昭典:細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト.ヒューマンインタフェース学会誌.2004, 6: 39-44.
  • 酒井晃二,小山田耕二,井上健:細胞・生体シミュレータ向けパラメータ最適化技術に関する研究.京都大学学術情報メディアセンター全国共同利用版・広報.2004, 3: 122-129.
  • 寺田智祐,乾賢一:腎薬物トランスポータの機能・発現ならびに疾患とSNP解析.ゲノム医学.2004, 4: 509-515.
  • 寺田智祐,乾賢一:ペプチドトランスポータ(PEPT1及びPEPT2)の臨床薬物動態学的役割.臨床薬理.2004, 35: 61-65.
  • 中沢一雄,原口亮,芦原貴司,八尾武憲,難波経豊,池田隆徳,鈴木亨,稲垣正司,杉町勝,五十嵐健夫:Virtual Heart: スーパーコンピュータでつくった仮想心:心臓電気現象の包括的シミュレータ.循環器病研究の進歩.2004, 25: 60-70.
  • 野間昭典,松田哲也,松岡達,皿井伸明:細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト‐数理時空間に生体活動を実現す.現代医療.2004, 36: 1073-1079.
  • 原口亮,五十嵐健夫,大和田茂,八尾武憲,難波経豊,芦原貴司,池田隆徳,杉本喜久,永田啓,中沢一雄:治療戦略決定や患者説明への応用を目指した心臓不整脈病態シミュレーション環境の開発.医療情報学.2004, 24: 818-819.
  • 原口亮,五十嵐健夫,大和田茂,八尾武憲,難波経豊,芦原貴司,池田隆徳,杉本喜久,永田啓,中沢一雄:スケマティックな3次元形状モデリングインタフェースを備えた心臓電気生理現象シミュレータ.信学技報.2004, 24: 17-20.
  • 松岡達,野間昭典:創薬研究における細胞機能シミュレーション.月刊薬事.2004, 46: 1257-1264.
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その他の誌上発表【国外】
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学会発表【国内】
  • 野間昭典:心筋細胞モデル「包括的心筋細胞モデルの構築とその応用」.第14回ライフサイエンス天城セミナー.2005/3/26.
  • 徳田貴司,藤原哲嗣,鈴木孝明,神野伊策,小寺秀俊:MEMS技術を用いた単一細胞の電気生理特性の計測に関する基礎研究.日本機械学会.情報・知能・精密機器部門講演会(IIP2005).2005/3/21.
  • 藤原哲嗣,鈴木孝明,神野伊策,小寺秀俊:単一心筋細胞の収縮特性を測定するデバイスの開発.日本機械学会.情報・知能・精密機器部門講演会(IIP2005).2005/3/21.
  • 野間昭典:ダイナミック細胞モデルの実用性、心筋細胞(Kyoto)モデル.千里ライフサイエンスセミナー「生体・細胞シミュレーションの実用化に向けて」.2005/3/7.
  • 松岡達:心筋細胞における興奮―収縮―エネルギー代謝連関シミュレーション.千里ライフサイエンスセミナー「生体・細胞シミュレーションの実用化に向けて」.2005/3/7.
  • 齊藤隆太,皿井伸明,松岡達:ピルビン酸脱水素酵素複合体の活性制御機構のモデル化.日本生物物理学会 第42回年会.2004/12/13-15.
  • 山下富義:in silico薬物動態予測における最近の話題と今後の展望.薬物動態談話会11月例会.2004/11/26.
  • 入江めぐみ,寺田智祐,奥田真弘,乾賢一:ペプチドトランスポータを介したglycylsarcosine輸送のシミュレーション.第26回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム.2004/11/25-26.
  • 寺田智祐,入江めぐみ,奥田真弘,乾賢一:ヒトペプチドトランスポータ2(hPEPT2)の遺伝子多型解析.第14回日本医療薬学会年会.2004/11/16-17.
  • 瓶井悠,天野晃,神田健一,柴山司,松田哲也:左心室拍動シミュレーションのためのシミュレーションモデル生成インタフェース.信学技報104(429): 37-40. 電子情報通信学会MEバイオサイバネティックス研究会.2004/11/15.
  • 西俊文,陸建銀,ナタリー シュナイダー,天野晃,松田哲也,小寺秀俊,野間昭典:電気生理学モデルと構造力学モデルの連成による心筋組織収縮シミュレーション.信学技報104(429): 33-36. 電子情報通信学会MEバイオサイバネティックス研究会.2004/11/15.
  • 齊藤隆太,皿井伸明,松岡達:心筋細胞におけるミトコンドリアモデルの構築とエネルギー代謝シミュレーション.日本バイオインフォマティクス学会 第5回システムバイオロジー研究会.2004/11/6.
  • 齊藤隆太,皿井伸明,松岡達:心筋細胞におけるミトコンドリアモデルの構築とエネルギー代謝シミュレーション.日本生理学会 第97回近畿生理学談話会.2004/11/6.
  • 竹内綾子,松岡達,野間昭典,乾賢一:心虚血再灌流傷害に対するループ利尿薬の効果〜細胞モデルを用いた考察〜.日本生理学会 第97回近畿生理学談話会.2004/11/6.
  • 寺島啓介,松岡達,野間昭典:心筋細胞におけるCl輸送と細胞容積調節.日本生理学会 第97回近畿生理学談話会.2004/11/6.
  • 松岡達,城日加里,皿井伸明,野間昭典:心筋における興奮・収縮・エネルギー代謝シミュレーションin Silico Cardiologyの進歩.第8回日本エム・イー学会秋期大会.2004/11/5.
  • 原秀人,Suchada Wanchana,山下富義,橋田充:薬物代謝酵素CYP3A4阻害に関する構造活性相関モデリング.第6回製剤研究フォーラム.2004/9/24.
  • 乾賢一:ペプチドトランスポータによる経上皮輸送制御とシミュレーション.第6回製剤研究フォーラム.2004/9/24.
  • 竹内綾子:シミュレータを使った論文考察〜心臓に発現するNKCC1の機能的役割と、虚血再灌流傷害時におけるNKCC1阻害剤の効果に関するシミュレーション〜.第6回製剤研究フォーラム.2004/9/24.
  • 山下富義:創薬を指向したin silico消化管吸収.第6回製剤研究フォーラム.2004/9/24.
  • 野間昭典:包括的心筋細胞モデル 膜興奮・収縮・エネルギー代謝・細胞容積調節‐包括的心筋細胞モデルの構築.第21回心電学会.2004/9/14.
  • 中沢一雄,原口亮:Virtual Heart:スーパーコンピュータでつくった仮想心臓:in silico studyから電子カルテに向けての応用まで.第3回大規模データマネージメントコンファレンス. 2004/9/9.
  • 徳田貴志,藤原哲嗣,神野伊策,小寺秀俊:MEMS技術を用いた心筋細胞の諸特性の計測に関する研究.日本機械学会 年次大会.2004/9/6.
  • 比戸将平,伊藤貴之,小山田耕二,酒井晃二,皿井伸明:細胞シミュレーションのパラメータ最適化へのWebサービス技術の応用.日本バイオインフォマティクス学会 第4回システムバイオロジー研究会.2004/8/27.
  • 芦原貴司,Trayanova NA:心筋電気刺激における非線形性・非対称性膜電位変化のtop-downアプローチによる再現:除細動効果判定システムへの応用を目指して.第4回システムバイオロジー研究会.2004/08/27.
  • 山下富義:In silico薬物動態研究の現状と展望.CBI学会2004年大会.2004/7/28-30.
  • 伊藤貴之,小山田耕二,皿井伸明,比戸将平:平安京ビューによるシミュレーションパラメータの対話的最適化.第32回可視化情報シンポジウム.2004/7/21.
  • 山下富義:創薬研究を支援するin silico薬物動態スクリーニング法.第20回日本DDS学会.2004/7/15-16.
  • 松岡達:活動電位のシミュレーション方法.第39回理論心電図研究会.2004/7/10.
  • 山下富義:コンピュータによる薬物動態予測と製剤設計.第29回製剤セミナー.2004/7/5-7.
  • 皿井伸明,野間昭典:細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト.第2回京都大学医工連携シンポジウム.2004/7/2.
  • 城日加里,野間昭典,松岡達:心筋細胞仕事量増加に対するミトコンドリアNADH・Ca2+応答.第81回日本生理学会.2004/6/2-4.
  • 八尾武憲,難波経豊,芦原貴司,原口亮,中沢一雄,池田隆徳:多電極マッピング可視化アルゴリズムの開発による心臓不整脈現象の解析.MEとバイオサイバネティックス研究会(MBE).2004/1/29.
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学会発表【国外】
  • Matsuoka S, Saito R, Jo H, Sarai N, Noma A: Simulation of cardiac energy metabolism using an integrated mitochondria model. The IUPS Satellite Meeting for the Physiome Project. 2005/3/29.
  • Hori K, Nishi T, Lu JY, Shimayoshi T, Ashihara T, Amano A, Matsuda T: Distributed biological simulation on DynaBioS. The IUPS Satellite Meeting for the Physiome Project. 2005/3/28-30.
  • Shim EB, Leem CH, Abe Y, Noma A: A cell- hemodymaics - autoregulation coupled modeling of cardiovascular system. The IUPS Satellite Meeting for the Physiome Project. 2005/3/28-30.
  • Takeuchi A, Terashima K, Sarai N, Matsuoka S, Noma A: Relationship between Na+/K+ pump activity and cell volume regulation in the cardiac cells: A simulation study. The IUPS Satellite Meeting for the Physiome Project. 2005/3/28-30.
  • Terashima K, Takeuchi A, Sarai N, Matsuoka S, Shim EB, Noma A: Role of Cl - channels in the cardiac volume regulation and the membrane excitation. The IUPS Satellite Meeting for the Physiome Project. 2005/3/28-30.
  • Saito R, Sarai N, Matsuoka S, Noma A: Simulation of energy metabolism in cardiac excitation-contraction coupling and contraction of cardiac mitochondria model. 49th Biophysical Society Annual Meeting. 2005/2/14.
  • Yamashita F: In silico pharmacokinetics for accelerating early drug discovery. 3rd International Drug Discovery and Development Summit. 2004/12/1-3.
  • Noma A: Developing the comprehensive cardiac cell model: A basis for future medical and industrial applications. International Society of Bioelectromagnetism(ISBEM), International Workshop for Bioelectromagnetism- from modeling to healthcare. 2004/10/31-11/2.
  • Noma A: Developing the comprehensive cardiac cell model: A basis for the hypothesis-driven research in physiology. Pioneers in Physiological Research and Challenges for 21st Century Physiologists. 2004/10/28-30.
  • Sarai N, Noma A: simBio: A java package for biological simulation. The 5th International conference on Systems Biology. 2004/10/10. p373.
  • Hido S, Sarai N, Asakura K, Itoh T, Koyamada K, Kawano H, Noma A: Extrapolation method of the drug effects on cardiac action potential by the combination of models and experiments. The 5th International Conference on Systems Biology. 2004/10/10. p381.
  • Noma A: Role of individual ion channels in the cardiac cell function, a model study. Bicomputation and Modelling in Physiology Workshop. 2004/10/1-3.
  • Hassan MA, Fujiwara N, Kanno I, Kotera H, Washizu M: A novel micro device for measuring the electyromechanical properties of a single myocyte. MicroTAS 2004. 2004/9/28.
  • Yamashita F: In silico ADME approaches for accel